Cyklotrasy začaly být v Praze značené v 90. letech. Nejprve bílými značkami jen s uvedením cíle, později žlutými značkami s cíli, kilometráží. Část tras nesla označení písmennými zkratkami, které naznačovaly, odkud a kam trasa vede. Kromě toho vedlo Prahou i několik celostátních tras Klubu českých turistů označených čísly.
Po reformě cyklodopravy v roce 2006 většina starých tras postupně zanikla a není udržovaná, ale zbytky značení jsou ve městě stále k nalezení. V dalších letech vzniklo několik místních cyklotras, které využívají původní systém značení písmeny, především v oblasti Kbel (KB-KY Kbely-Kyje apod.).
Pražské historické cyklotrasy
- BŘ–LE (Břevnov – Letná): částečně zachováno, především v úseku Vypich – Pražský hrad
- HL–MS (Hlubočepy – Malá Strana): začleněno do trasy A1
- HO–ŠT (Hostavice – Štěrboholy): nahrazeno trasou 1, později A24
- HP–KL (Horní Počernice – Klánovice): zrušena, nahrazena trasou A50
- KB–ČA (Kbely – Čakovice): zachována část mezi Kbely a lesoparkem Letňany, dále do Čakovic jako A27
- KO–FR (Kolčavka – Freyova): začleněno do trasy A26
- KR–NE (Královice – Nedvězí): začleněno do trasy 8100 a A440
- MO–BR (Modřany – Braník): začleněno do trasy A2
- ŘE–HL (Řepy – Hlubočepy): částečně začleněno do trasy A12 (Prokopské údolí – Hlubočepy), částečně zachována (Řepy – Stodůlky – Jihozápadní Město), značení neudržováno
- SM–LE (Staré Město – Letná): neudržované zbytky značení v ulicích
- TR–PT (Troja – Pelc-Tyrolka): začleněna do trasy A2
- ÚJ–BR (Újezd – Braník): mimo úsek Újezd – Opatov začleněno v celé délce do trasy A22
- VE–DE (Veleslavín – Dejvice): začleněno do tras A33, A34 a A17
- ZÁ–ZB (Závist – Zbraslav): zachována, ale značení neudržováno
Trasy celostátní v Praze
- 1: Národní divadlo – Karlín – Vítkov – Hrdlořezy – Kyje – Hostavice – Dolní Počernice – Dubeč – Královice: částečně zrušena, částečně nahrazena trasami A24 a A25, značení neudržováno, od hranic Prahy pokračuje
- 2: Výtoň – Národní divadlo – Malá Strana – Letná – Stromovka – Troja – Zámky: zrušena, nahrazena zejména trasami A1 a A2, od hranic Prahy pokračuje jako vltavská cyklotrasa 7 směr Kralupy a Mělník
- 3: Výtoň – Braník – Hlubočepy – Velká Chuchle – Radotín: zrušena, nahrazena trasou A1, od Radotína pokračuje směr Řevnice, Hořovice, Plzeň
- 11: Výtoň – Vršovice – Záběhlice – Hostivař – Petrovice – Újezd u Průhonic: nikdy plně nevyznačena kromě krátkých úseků u Výtoně a kolem Hostivařské přehrady, zbytky značení stále v terénu, nahrazeno trasou A23 „Botičská“ (také z velké části neznačenou), od Újezdu pokračuje směr Kamenice, Týnec nad Sázavou, Sedlčany, Tábor a České Budějovice
- 14: Hostavice – Dolní Počernice – Horní Počernice: zrušeno, v terénu zbytky značení
- 201: Stromovka – Bubeneč – Dejvice – Veleslavín – Vypich – Řepy – Zličín – Sobín: zbytky značení, neudržováno. Od Vypichu do Sobína nahrazeno trasou A15, od Sobína pokračuje jako trasa 201 přes Hostivici a Lány do Rakovníka
- 0013: Luka – Řeporyje → Karlštejn: zachována
- 0026: Královice – Kolovraty → Říčany: zachována, postupně prodloužena až do Mnichovic
- 0034: Horní Počernice – Zeleneč – Jenštejn – Přezletice – Ctěnice: zrušena část z Počernic do Zelenče, část začleněna do trasy 17 Jizera
- 0035: Černý Most – Zeleneč: zrušena, začleněna do tras A26 a 17 Jizera
- 0036: Horní Počernice – Klánovice: zrušena, začleněna do trasy HP-KL, později 8100
- 0077: Šárecké údolí → Horoměřice – Okoř (jednosměrně): zachována, v Praze značení neudržováno
- 0078: Okoř – Tuchoměřice – Nebušice – Šárecké údolí – Dejvice (jednosměrně): v Praze zrušena
- 8100 „Pražské kolo“: existující okružní trasa, v Praze částečně nahrazovaná jinými trasami včetně budoucí vnitrookružní A50